Hätte Matzes Frage genau umgekehrt verstanden: Laufen die Pedalregister (z.B. Subbass 16'), die beim Keyboardbetrieb in Ermangelung eines physischen Pedals quasi "nach oben" in den relevanten Bereich des Manuals gekoppelt werden, dort immer zwingend mit, oder kann man das so einstellen, dass die Pedalregister tatsächlich nur noch auf das angeschlossene Pedal reagieren, aber nicht mehr auf den unteren Teil des Manuals (also wie bei einer richtigen Orgel)?

Den umgekehrten Fall der "festen Pedalkoppel" sähe ich hingegen auch unkritisch.

Wenn die Splitfunktion deaktiviert ist, sollten die Pedalregister nicht mehr im Manual mitklingen, siehe Kapitel 4.1 im Handbuch.